Kromatografia jonike (ose kromatografia e shkëmbimit të joneve) është një proces kromatografie që ndan jonet dhe molekulat polare bazuar në lidhjen e tyre me shkëmbyesin e joneve. Ajo funksionon në pothuajse çdo lloj molekulë të ngarkuar — përfshirë proteina të mëdha, nukleotide të vogla dhe aminoacide.
Sidoqoftë, kromatografia jonike duhet të bëhet në kushte që janë një njësi larg nga pika izoelektrike e një proteine. Detektimi behet ne menyre direkte me ane te kollones se montuar në brendesi te aparatures. Anionet e synuara (fluori, klorur, nitrit, nitrat dhe sulfat) mbahen së pari në fazën e palëvizshme, por më pas elutohen në kohë. Analitët e interesit më pas do të zbulohen nga përçueshmëria elektrike.